Obecnie za najbardziej nowoczesną metodę sterowania jakością mikrobiologiczną środków spożywczych uważany jest System Analizy Zagrożeń oparty na Kontroli Punktów Krytycznych - HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point). W kategoriach jakościowych i technologicznych podstawowymi elementami systemu HACCP są:
- zagrożenie (hazard) - to jest identyfikacja i przewidywanie skutków złej jakości mikrobiologicznej,
- ryzyko (risk) - ocena prawdopodobieństwa zaistnienia zagrożenia,
- punkt kontroli krytycznej (CCP) - ingerencja technologiczna w celu:
* zapobiegania zagrożeniu,
* przeciwdziałania jego intensyfikacji,
* redukcji zagrożenia bądź jego eliminacji.
Zdefiniowane jak powyżej zagrożenie i ryzyko obejmują elementy prognozowania zdarzeń mikrobiologicznych.

Stosując elementy mikrobiologii prognostycznej wykazano, że w warunkach sprzyjających rozwojowi mikroflory produkt spożywczy zawierający zanieczyszczone mikrobiologicznie przyprawy ma obniżoną jakość i może stanowić zagrożenie dla zdrowia człowieka.

Przeprowadzone badania wykazały na przykładzie przypraw ziołowych, że zabieg radiacyjnej dekontaminacji mikrobiologicznej może stanowić jeden z elementów nowoczesnej strategii planistycznej zarządzania jakością produktów spożywczych.